Il était depuis 2016 directeur interrégional des services pénitentiaires de Toulouse.
Stéphane Scotto a commencé sa carrière en 1996 à la maison d’arrêt de Grasse. Il a ensuite dirigé plusieurs prisons dont Nancy de 2001 à 2005 et Fresnes de 2012 à 2016. Il a également été sous-directeur de l’état-major de sécurité de 2009 à 2012.
Il prend la suite de Marie-Line Hanicot, qui est maintenant directrice interrégionale des services pénitentiaires de Rennes.